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NEWS尊龙凯时非接触式超声波DNA打断仪实验效果对比分析
来源:嵇轮强 日期:2025-02-22实验目的:对全基因组DNA样品进行片段化处理,以确保片段大小均匀分布在200-500bp的范围内。通过本实验,可以优化基因组研究与分析的准确性和效率。
实验仪器及材料:
1. 实验仪器:本次实验采用三种非接触式打断设备,具体包括:小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪以及小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
2. 实验材料:全基因组DNA溶液,浓度为160ng/μL。
实验步骤:
1. 预热仪器:提前15分钟启动三款仪器的冷水机,设置温度为4℃。
2. 准备样品:在每个爱思进品牌的15mL EP管中加入100μL浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
3. 装载样品:将装有样品的15mL EP管放入相应仪器的适配器中,空余孔位用相同体积的水代替。
4. 程序设置:温度为4℃,超声工作时间为20秒,间隔时间10秒,总处理时间为15分钟和20分钟,进行两个梯度对比。
5. 检测分析:程序结束后,提取样品并使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果:
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪:
(1)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长15分钟,得到平均片段大小3100bp。
(2)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长20分钟,得到平均片段大小3001bp。
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪:
(1)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长15分钟,得到平均片段大小4329bp。
(2)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长20分钟,得到平均片段大小4058bp。
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪:
(1)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长15分钟,得到平均片段大小3655bp。
(2)设置条件:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长20分钟,得到平均片段大小3881bp。
4. 三种仪器结果汇总:值得注意的是,当基因组片段在200-500bp区间的占比越高,峰图越平缓时,标志着基因组片段的均一性更佳。相同样品和程序设定下,bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500bp区间的占比分别为583%和654%,且二者峰图呈陡坡状,表明基因组片段化均一性较差。然而,小美超声的高通量声波基因组剪切仪在200-500bp区间的占比达647%,峰图呈现平缓状,表明其基因组片段均一性更佳。
综上所述,选用尊龙凯时品牌的相关仪器可以为我们的实验提供更为稳定与高效的处理效果,提升基因组研究的质量。
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